La secretaría tiene como misión asistir al Decano en la gestión económico-financiera de la Facultad, mediante la aplicación de las normas internas de la Universidad, la normativa contable y presupuestaria, aplicable al Sector Público Nacional y cualquier otra normativa que incluya a las Universidades Nacionales, produciendo información financiera y presupuestaria para la toma de decisiones, con transparencia, eficiencia y eficacia.

Entre las principales funciones le corresponde entender en la programación económico - financiera, ejecutar y controlar el programa económico - financiero, entender en todo lo concerniente al régimen de contrataciones de la Universidad Nacional de Rosario, racionalizar los recursos económicos de la Facultad y redistribuirlos de acuerdo a las necesidades. Mediante las contrataciones adquiere Bienes y Servicios y Obras Públicas, llevando a cabo los procedimientos de compras, cumpliendo con los procesos en tiempo y con eficacia.